Les tronçons de ligne nouvelle (phases 3 et 4) n’ont pas fait partie du projet porté à l'enquête publique. 

En effet, les évolutions successives du projet depuis 2009, liées aux différentes phases de concertation et à la volonté politique de répondre à la forte demande d’amélioration des trains du quotidiens, ont mené à prioriser le renforcement des transports à l’intérieur de la Région, avant les sections de lignes nouvelles souhaitées par les partenaires dans une continuité temporelle. 

La mise en service de la navette azuréenne nécessite la réalisation d’aménagements dans les gares de Cannes Centre, Nice Ville et Nice Saint-Roch, d’une part pour accroitre les capacités de stockage des trains et d’autre part pour permettre d’accueillir simultanément deux trains à quai dans chaque sens. En effet, entre Cannes et Nice, l’alternance de services rapides (TGV ou TER ne s’arrêtant pas dans toutes les gares) et lents (TER omnibus) induit structurellement le rattrapage des trains lents par les trains rapides.

À Cannes La Bocca, la nouvelle gare déplacée s’intègre dans le projet “Cannes Bocca Grand Ouest”. Ses deux parvis accueilleront des quais de bus, les dépose minute, station de taxis, parkings autos et vélos. La passerelle d’accès aux quais permettra, en franchissant tout le plateau ferroviaire, un nouveau lien urbain vers le boulevard du littoral, en cohérence avec le projet Boccacabana.

À Nice, la nouvelle gare TER et TGV constitue l’une des bases structurantes de l’Opération d’Intérêt National Nice Eco-Vallée. À proximité immédiate du 3e aéroport français, elle sera également en connexion directe avec la nouvelle gare routière, les lignes de tramway, les pistes cyclables et la coulée verte reliant la promenade des Anglais au futur parc des expositions, faisant de ce pôle multimodal éco-conçu l’un des plus aboutis de France.

La gare de Carnoules ayant été retenue comme terminus Est de la navette toulonnaise, en raison de sa localisation entre le centre-Var et les portes de l’aire urbaine toulonnaise, elle doit pouvoir accueillir des TER de 220 m en origine ou terminus, ce qui passe par l’aménagement de la voie de service située côté Est.

À La Pauline, la gare existante est transformée pour devenir multimodale et « traversante » afin de desservir directement la zone d’activités de l’est toulonnais et le pôle universitaire de la Garde. Des trottoirs confortables et des pistes cyclables sont prévus sur sa face ouest où se développera également une véritable gare routière connectée au futur réseau bus en site propre. Le parking voitures et la dépose minute resteront à l’Est.

A Saint-Cyr-sur-Mer, la gare est déplacée pour être insérée au projet urbain « Pradeaux-Gares », ce qui implique une refonte complète des accès routiers de la zone. Son aménagement favorisera les mobilités actives et permettra d’améliorer la desserte en transports en commun. 

La stratégie d’évacuation des matériaux excavés est un enjeu important de la réalisation de la section souterraine de Marseille. La présence de voies ferrées à proximité des sites de travaux constitue une opportunité d’utiliser le fer pour l’évacuation des terrassements et ainsi limiter de façon importante le nombre de camions sur la route. La stratégie d’évacuation repose sur les principes suivants :

L’ambition du projet des phases 1 & 2 sur Marseille est d’offrir à la population les services d’un véritable réseau express métropolitain sur l’ensemble des axes convergeant sur le plateau Saint Charles. L’amélioration de la desserte du Corridor ouest se concrétisera par le renforcement de la desserte de la halte d’Arenc et par la création d’une halte ferroviaire et d’un pôle d’échanges à Saint-André.

Le doublement du tunnel de Saint-Louis contribue à l’amélioration de la régularité du nœud ferroviaire marseillais tout en anticipant les besoins de projets complémentaires ultérieurs à l’échelle métropolitaine.

Le doublement du tunnel de Saint-Louis par la mise en œuvre de 2 tunnels monovoie de chaque côté du tunnel de Saint-Louis existant permettra de disposer de 4 voies afin de réguler la circulation des trains avant l’entrée dans la traversée souterraine au niveau de La Delorme pour les trains qui desserviront la gare souterraine de Marseille Saint-Charles.