Les tronçons de ligne nouvelle (phases 3 et 4) n’ont pas fait partie du projet porté à l'enquête publique. 

En effet, les évolutions successives du projet depuis 2009, liées aux différentes phases de concertation et à la volonté politique de répondre à la forte demande d’amélioration des trains du quotidiens, ont mené à prioriser le renforcement des transports à l’intérieur de la Région, avant les sections de lignes nouvelles souhaitées par les partenaires dans une continuité temporelle. 

Ces sections de lignes nouvelles feront l’objet d’autre(s) procédures de débat public et de déclaration d’utilité publique. 

La décision de la CNDP et la décision ministérielle du 7 Juin 2021 précisent notamment que les sections de lignes nouvelles (Phases 3 et 4) devront faire l'objet d'une nouvelle saisine de la CNDP, qui pourra décider d'organiser un débat public.

Par ailleurs, le protocole de financement relatif au financement de la "Ligne Nouvelle Provence Côte d'Azur" reprend les termes de ces décisions.