A Saint-Cyr-sur-Mer, la gare est déplacée pour être insérée au projet urbain « Pradeaux-Gares », ce qui implique une refonte complète des accès routiers de la zone. Son aménagement favorisera les mobilités actives et permettra d’améliorer la desserte en transports en commun. 

La gare nouvelle à Saint-Cyr remplacera la gare actuelle de Saint-Cyr les Lecques en s’inscrivant au cœur du projet urbain Pradeaux-Gare porté par la commune, situé à 350 mètres à l’ouest de la gare actuelle. 

De manière à permettre le retournement des trains de la navette toulonnaise, 2 voies centrales en impasse et 2 quais centraux de 220 m seront créés, en plus des 2 voies latérales existantes.

A l’ouest de la future gare, les voies d’évitement de 750 m pour les trains de fret seront reconstituées par élargissement du remblai ferroviaire et avec des murs de soutènement.

Les accès aux quais se feront par un passage aisé sous les voies ferrées et de plain-pied avec le nouveau parvis situé au sud des voies. C’est autour de ce futur parvis, véritable place publique arborée et très ouverte sur le nouveau quartier, que s’organiseront toutes les fonctions de l’intermodalité du Pôle d’Echanges : 

• Une piste cyclable et des trottoirs confortables en direction du centre-ville et des quartiers ;
• Un abri sécurisé pour les vélos de 40 places environ ;
• Des quais bus (2 fois 2 emplacements) ;
• Une dépose-minute et une aire d’attente pour les taxis ;
• Un parking de 300 places environ.

A l’horizon 2035, la gare de Saint-Cyr sera desservie par 102 trains par jour contre 54 aujourd’hui. En conséquence, sa fréquentation est estimée 580 000 montées et descentes annuelles (410 000 en 2019) à la mise en service du projet.