Les aménagements des phases 1 et 2 soumis à la concertation avec le public, répondent prioritairement aux besoins d'amélioration des déplacements du quotidien et à l’amélioration du fonctionnement des nœuds ferroviaires de Marseille, de Toulon, de Nice et de la Côte d’Azur. Ils concernent les trois départements des Bouches-du-Rhône, du Var et des Alpes-Maritimes et les trois métropoles de Marseille, Toulon et Nice Côte d’Azur.
Ils consistent principalement à :
La réalisation de la traversée ferroviaire de Marseille qui comprend :
- En entrée Nord de Marseille, le doublement de la ligne et l’entrée en tunnel vers la gare souterraine de Marseille Saint-Charles dans le secteur de Bassens, avec en option le doublement du tunnel de Saint Louis
- L’aménagement de voies de remisage et de maintenance pour les TER et le fret dans le secteur d’Arenc et le doublement partiel des voies du port à proximité des bassins Est du Grand Port Maritime de Marseille
- Au niveau de la gare de Marseille Saint-Charles :
- la création d’une gare souterraine, de 2 tunnels d’accès et d’un pôle d’échanges multimodal
- la libération du site de la cour des Abeilles pour permettre le creusement de la gare souterraine
- la reconfiguration du plan de voies de surface du plateau Saint-Charles - Au niveau de Marseille Blancarde : la création d’un site de remisage des trains et d’une 5e voie à quai en gare
- L’entrée en tunnel depuis la Vallée de l’Huveaune vers la gare souterraine de Marseille Saint-Charles à La Parette
- La réalisation en option d’une 4e voie partielle, entre La Blancarde et la Penne-sur-Huveaune
La création d’une navette ferroviaire entre l’Ouest et l'Est de Toulon
- Amélioration de la bifurcation “La Pauline“ vers Hyères et réaménagement de la gare
- Création de voies supplémentaires, pour les TER en gare, à l'ouest de Toulon et à Carnoules à l'est pour la mise en place de navettes ferroviaires entre ces gares
La création d’une navette azuréenne
- Création d’un ouvrage dénivelé à la bifurcation de Cannes vers Grasse
- Déplacement de la gare TER de Cannes-La-Bocca à Cannes Marchandises
- Création d’une gare TER/TGV à Nice Aéroport (4 voies à quai)
- Création d'aménagements en gare de Cannes Marchandises pour permettre la création d'une navette ferroviaire entre Cannes et Menton
- Adaptation du plan de voies de Nice ville et la création de voies de garage à Nice Saint-Roch
- Création de voies à quai en gares de Cannes et d’Antibes

Calendrier prévisionnel
La décision ministérielle du 4 mars 2019 a demandé de finaliser les études de recalage des aménagements des phases 1 et 2 du projet à l'horizon du mois de mai 2019. Elle a également demandé de conduire durant l'été 2019 une concertation avec le public dont le bilan sera produit à l'automne, en vue de la définition du périmètre de l'enquête publique.
Sur la base de ces éléments, un calendrier dense est prévu d'ici 2023 :
